Система APG III и система APG IV

Angiosperm Phylogeny Group (APG, группа филогении покрытосеменных) — три международных группы ботаников-систематиков, работавших над разработкой консенсусной системы классификации цветковых (покрытосеменных) растений, построенной в первую очередь на основе молекулярного анализа ДНК. Эта система должна была преодолеть недостатки других систем классификации покрытосеменных - Кронквиста (1981), Торна (1992 и 2001), Тахтаджяна (1997). 

Результатами работы Angiosperm Phylogeny Group стали опубликованные соответственно в 1998, 2003, 2009 и 2016 годах системы классификации APG I, APG II, APG III и APG IV. 

В этих системах авторы попытались преодолеть недостатки других систем, основываясь в первую очередь на результатах анализа последовательностей ДНК. 

В отличие от прежних научных систем классификации, разрабатывавшимися одним-двумя учёными, системы классификации APG были подготовлены многочисленными коллективами, при этом были обработаны обширные материалы по молекулярной филогении покрытосеменных. В результате цветковые растения стали первой крупной таксономической группой, система которой была значительно переработана преимущественно на основе молекулярных характеристик.

Цветковые растения, или Покрытосеменные (лат. Angiospermae, Anthophyta, Magnoliophyta) - одна из групп организмов, классификация которых была наиболее радикальным образом преобразована, когда стали доступны молекулярные данные. 

Пользовавшаяся широким влиянием система американского ботаника Артура Кронквиста, опубликованная им в 1981 году, подвергалась в течение 1990-х всё более острой критике. 

Молекулярные данные, которые стали известны с 1990 года, были проанализированы с помощью кладистических методов, что позволило прояснить представления об отношениях одних групп и заставили радикально пересмотреть другие. 

Классификация APG в гораздо большей мере соответствует целям филогенетической систематики, состоящим в том, что классификация растений должна отражать данные о родственных отношениях.

Система классификации основана на двух хлоропластных и одном рибосомальном генах. Выбор именно этих генов органелл клетки не случаен. В зоологической таксономии для этих же целей используют митохондриальные гены. Геном органелл клетки отличается от генома клеточного ядра, хлоропласты и митохондрии имеют свои собственные кольцевые ДНК. Нуклеотидные последовательности этих ДНК и ДНК ядра изменяются в процессе эволюции с разной скоростью. 

Первая классификация APG были опубликована в 1998 году. По сравнению с предыдущими системами основными её отличия были в следующем:

• для групп организмов рангом выше порядка использовались не формализованные научные (латинские) названия, а неформальные на английском языке (monocots, commelinoids, eudicots, core eudicots, rosids, eurosids I, eurosids II, asterids, euasterids I, euasterids II);
• в системе имелось большое число таксонов, положение которых было в большей или меньшей степени не определено;
• для многих групп семейств предлагались альтернативные классификации: про эти группы в системе говорилось, что их можно рассматривать как единое семейство, так и в качестве нескольких самостоятельных семейств (в системе APG III от этой идеи разработчики отказались по причине её непопулярности).

Среди учреждений, поддерживающих разработку APG II, можно назвать следующие:

• Шведская королевская академия наук, Швеция
• Уппсальский университет, Швеция
• Королевские ботанические сады в Кью, Великобритания
• Университет Мэриленда, Колледж-Парк, США
• Флоридский университет, США
• Ботанический сад Миссури, США

Вклад в исследования также внесли многие другие учреждения по всему миру.

В 2003 году была опубликована обновлённая версия системы - APG II, ей на смену в 2009 году пришла система APG III. 

Система APG III - таксономическая система классификации цветковых растений, разработанная «Группой филогении покрытосеменных» (Angiosperm Phylogeny Group, APG) и опубликованная в октябре 2009 года в Ботаническом журнале Лондонского Линнеевского общества в статье «An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III». 

Основные разработчики Системы - участники «Группы филогении покрытосеменных» Биргитта Бремер (Birgitta Bremer, The Bergius Foundation, Шведская королевская академия наук), Коре Бремер (Kåre Bremer, проректор Стокгольмского университета, Швеция), Марк Чейз (Mark W. Chase, Jodrell Laboratory, Королевские ботанические сады в Кью, Великобритания), Michael F. Fay (Jodrell Laboratory, Королевские ботанические сады в Кью, Великобритания), Джеймс Ривил (James L. Reveal, L. H. Bailey Hortorium, Факультет биологии растений Корнеллского университета, США), Douglas E. Soltis (Биологический факультет Флоридского университета, США), Pamela S. Soltis (Музей естествознания Флоридского университета, США) и Peter F. Stevens (Биологический факультет Университета Missouri—St. Louis, Миссурийский ботанический сад, США). Определённый вклад в разработку Системы внести также Arne A. Anderberg, Michael J. Moore, Richard G. Olmstead, Paula J. Rudall, Kenneth J. Sytsma, David C. Tank, Kenneth Wurdack, Jenny Q.-Y. Xiang и Sue Zmarzty. 

Предлагаемая классификация по сравнению с предыдущей исправлена и дополнена. Число порядков в новой системе увеличилось до 59 против 45 в системе APG II: прибавились порядки Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales и Zygophyllales. Многие семейства, которые в системе классификации APG II (2003) не были включены в какие-либо порядки, в новой системе включены в существовавшие или в новые порядки: Huaceae - в Кисличноцветные (Oxalidales), Aphloiaceae, Geissolomataceae и Strasburgeriaceae - в Кроссосомоцветные (Crossosomatales), Picramniaceae - в Picramniales. Большинство семейств и родов, в APG II входившие в дополнительный список, также нашли своё место в новой Системе: к мальпигиецветным (Malpighiales) добавились Centroplacaceae и Rafflesiaceae, к мальвоцветным (Malvales) - Cytinaceae, к санталоцветным (Santalales) - Balanophoraceae, к верескоцветным (Ericales) - Mitrastemonaceae; в новый порядок Huerteales включено семейство Dipentodontaceae. 

Система APG IV - современная таксономическая система классификации цветковых растений, разработанная «Группой филогении покрытосеменных» (Angiosperm Phylogeny Group, APG) и опубликованная в марте 2016 года в Ботаническом журнале Лондонского Линнеевского общества в статье «An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV».  

Предлагаемая классификация по сравнению с предыдущей исправлена и дополнена. Число порядков в новой системе увеличилось до 64 против 59 в системе APG III: добавились порядки Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusales и Vahliales.